夫妻离婚时，农村自建房屋的分配问题主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定进行处理。具体分配方式如下：

一、确定房屋性质

如果房屋是夫妻一方在婚前所建，且另一方在建造时未出资，那么该房屋属于婚前个人财产，离婚时不进行分割，仍归建房一方所有。

如果房屋是在夫妻关系存续期间共同建造，即使宅基地证上只登记了一方的名字，该房屋也视为夫妻共同财产，离婚时应当进行平均分配。

二、平均分配方式

对于属于夫妻共同财产的自建房，可以采取以下方式进行平均分配：

一方获得房屋所有权，同时给予另一方相当于房屋价值一半的补偿。这种方式需要双方对房屋价值达成一致，或者通过评估机构进行评估。

如果双方均主张房屋所有权，可以通过竞价方式取得。竞价高者获得房屋所有权，同时给予另一方相应补偿。

若双方均不主张房屋所有权，可以申请法院拍卖房屋，并就所得价款进行平均分割。

三、特殊情况处理

对于父母在宅基地上建房为子女结婚居住使用的情况，如果是婚前建造，一般视为对子女一方的赠与；婚后建造则视为对夫妻双方的赠与，除非双方另有约定。

如果自建房涉及家庭共同出资建造，且是以一方父母名义申请建房，一般视为该方家庭财产。但如果是以子女名义取得批准用地，且建房目的是为子女结婚使用居住，则该房产可视为夫妻共同财产。

综上所述，夫妻离婚时农村自建房屋的分配需根据房屋性质、建造时间以及出资情况等因素综合考虑。在协商不成的情况下，可以依法向人民法院提起诉讼，由法院根据具体情况进行判决。