婚外情双方都有家庭且有了孩子的处理方式，涉及多个法律层面和实际操作步骤。以下是根据相关法律知识整理的处理指南：

一、孩子的法律地位与权益

根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条，非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或个人不得歧视或危害其权益。因此，婚外情所生的孩子，其法律地位与婚生子女无异。

不直接抚养非婚生子女的生父或生母，应负担未成年子女或不能独立生活的成年子女的抚养费。这是确保孩子得到必要经济支持的重要法律规定。

二、抚养权的确定

对于不满两周岁的子女，原则上由母亲直接抚养。这主要是考虑到婴幼儿期的孩子对母亲的依赖和需求。

已满两周岁的子女，如果父母双方对抚养问题无法达成协议，将由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则进行判决。法院在判决时会综合考虑孩子的利益、父母的抚养能力和条件等因素。

子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。这意味着在决定抚养权时，需要充分听取并考虑孩子的意见和感受。

三、离婚与财产处理

婚外情可能导致夫妻感情破裂，从而引发离婚。在这种情况下，无过错方可以主张离婚，并请求离婚损害赔偿。同时，在财产划分时，无过错方可能会受到照顾。

如果婚外情行为构成重婚（即与婚外第三人结婚或以夫妻名义生活），则涉嫌触犯《中华人民共和国刑法》第二百五十八条规定的重婚罪。这种情况下，过错方可能面临刑事处罚，同时还需要给无过错方损害赔偿。

综上所述，处理婚外情双方都有家庭且有了孩子的问题，需要综合考虑孩子的权益、抚养权的确定以及离婚与财产处理等多个方面。建议当事人在面临这种情况时，寻求专业律师的咨询和帮助，以确保合法权益得到妥善处理。