夫妻感情不和但是有孩子了，可以通过以下方式处理：

一、协议离婚

夫妻因感情不和，双方离婚的，抚养权可以双方协商。如果能够就离婚、子女抚养、财产分割等问题达成一致意见，可以签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。这种方式相对较为和平，能够减少对孩子的伤害。

二、诉讼离婚

如果双方无法就离婚问题协商一致，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院会进行调解，如果调解无效且感情确已破裂，法院会准予离婚。

关于孩子的抚养问题，法院会根据孩子的年龄和具体情况进行判决。不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则；已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决；子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

综上所述，夫妻感情不和但是有孩子了，可以选择协议离婚或诉讼离婚的方式解决。在处理过程中，应充分考虑孩子的利益和感受，尽可能减少对其的负面影响。同时，如有需要，可以寻求专业律师的帮助以更好地维护自身权益。