在有两个孩子的情况下，夫妻可以选择协议离婚或诉讼离婚。对于孩子的抚养问题，双方应首先尝试协商，如果协商不成，可以通过诉讼方式解决，法院会按照最有利于未成年子女的原则进行判决。

以下是具体的分析和建议：

一、协议离婚

双方应就财产分割、孩子抚养权、债权债务等问题达成一致意见，并签订离婚协议书。

双方需携带离婚协议书、身份证、结婚证、户口簿等材料，亲自到一方户籍所在地的婚姻登记机关申请离婚登记。

经过离婚冷静期后，双方应亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证，完成离婚手续。

二、诉讼离婚

如果双方无法就离婚问题达成一致意见，或者存在争议，可以选择诉讼离婚。

一方需向法院提起离婚诉讼，并提交相关证据和材料，包括结婚证、身份证、起诉状、被告户籍证明或居住证明等。

法院在审理离婚案件时，会进行调解，如果调解无效且感情确已破裂，会判决准予离婚。

对于孩子的抚养问题，法院会根据双方的具体情况以及孩子的意愿（如果孩子已满八周岁），按照最有利于未成年子女的原则进行判决。

无论选择哪种方式离婚，都应尽可能地减少对孩子的伤害，保障他们的合法权益。根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条的规定，离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。因此，即使离婚，双方也应继续履行对子女的抚养义务。