医保飞行检查制度是指医疗保障行政部门针对医疗保障经办机构、医药招标采购机构、定点医药机构、医药企业、医保医（药）师、参保人员等使用医疗保障基金行为开展的不预先告知的现场监督检查。该项制度具有下列特点：一是合法性、职权性，通常由上级医保行政部门依照社会保险法、《行政强制法》《国家医疗保障局职能配置、内设机构和人员编制规定》《医疗保障基金监管飞行检查规程（试行）》授权，主动实施而无需被监督检查单位申请启动的行政行为；二是直接性,由医保行政部门直接面对人、物、行为、场所等开展的现场检查；三是突击性，飞行检查通常是秘密开展，即医保行政部门不预先告知被检查对象；四是强制性，当被检查对象伪造、变造、转移、隐匿、涂改和销毁财务账目、记账凭证、处方、病历、治疗检查记录、费用明细、药品和医疗器械出入库记录时，医保行政部门有权采取强制措施，当被检查对象不配合、拒绝、阻挠医保行政部门开展检查时，医保行政部门可强制检查，被检查对象将会承担相应的法律责任；五是客观性，医保行政部门可邀请卫生健康、公安、药监部门联合飞检，并通过购买服务方式组织符合条件的社会第三方参加检查，根据检查工作需要，可以邀请新闻媒体参与监督；六是侵益性，飞行检查会给被检查对象带来不利后果，即为被检查对象设定接受现场检查、保管资料、接受询问等义务，限制一定时期场所、人员、资料等相对权益，实施行政强制措施等行政行为。
一、什么情况下可以实施飞行检查？
医疗保障行政部门可以启动实施飞行检查的情形有五种，包括：
（1）年度工作计划安排的；
（2）举报投诉线索反映医疗保障基金可能存在重大安全风险的；
（3）医疗保障智能监控提示医疗保障基金可能存在重大安全风险的；
（4）新闻媒体曝光，造成重大社会影响的；
（5）其他需要开展飞行检查的情形。
对于年度工作计划安排的飞行检查，医疗保障行政部门采取“双随机、一公开”的方式组织开展。
此外，因举报投诉、智能监控、新闻媒体曝光等涉及的可能造成重大基金安全风险或造成重大社会影响的，以及保密需要等，可直接开展检查工作。
二、怎样组织飞行检查？
国家医疗保障行政部门负责组织实施全国范围内的飞行检查。省级医疗保障行政部门负责组织实施本行政区域内的飞行检查。此外，省级医疗保障行政部门可以开展联合的、交叉的飞行检查，但应事先向国家医疗保障行政部门备案。
医疗保障行政部门可以邀请卫生健康、中医药、财政等相关部门联合开展飞行检查，也可以聘请符合条件的信息技术服务机构、会计师事务所、商业保险机构等第三方机构和专业人员协助开展飞行检查。
医疗保障行政部门建立被检查对象库和飞行检查组长、检查人员、专家库，根据被检查对象、人员变动及人员评价等情况，实行动态管理。
医疗保障行政部门对被检查对象、飞行检查组长、检查人员和专家名单的确定，应当做到全程留痕、责任可追溯。
组织飞行检查的医疗保障行政部门应当统筹安排，做好工作保障，并派出飞行检查组开展现场检查。
飞行检查组应当由医疗保障行政执法人员和取得本次检查授权的熟悉医保、疗、医药、财务、信息等相关专业的其他人员组成。
被检省（市）医疗保障行政部门应当配合做好飞行检查有关工作，及时提供真实、完整、准确的政策文件、数据信息等有关资料，并派行政执法人员参与现场检查工作。
三、飞行检查结果的运用
飞行检查组应当制定飞行检查的具体实施方案，明确检查重点、方式、程序等，主动研判风险，视情提出防控预案。对于飞行检查中所发现的各项问题，其结果如何运用关系到飞行检查的成效。该办法明确了被检省（市）医疗保障行政部门应依法依规对反馈的涉嫌违法违规的不同情形，按照相应权限和程序进行处理，如：
（一）对违反医保服务协议的，交由医保经办机构按照协议约定进行处理；
（二）对违反医疗保障相关法律、法规、规章的，依法作出行政处罚；
（三）对发现中共党员、监察对象，或者定点医药机构、医保行政部门、医保经办机构等单位负责同志的相关涉嫌违纪或者职务违法、犯罪的问题线索，移送纪检监察机关；
（四）对涉嫌违反相关法律、法规、规章，应由其他部门处理的，移送相应部门处理；
（五）其他需要进行处理的情形，按相应规定处理。
此外，针对飞行检查中发现的区域性、普遍性或者长期性存在、比较突出的问题，可以约谈被检查对象所在地医疗保障部门负责人。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第七十六条 各级人民代表大会常务委员会听取和审议本级人民政府对社会保险基金的收支、管理、投资运营以及监督检查情况的专项工作报告，组织对本法实施情况的执法检查等，依法行使监督职权。
第七十七条 县级以上人民政府社会保险行政部门应当加强对用人单位和个人遵守社会保险法律、法规情况的监督检查。
社会保险行政部门实施监督检查时，被检查的用人单位和个人应当如实提供与社会保险有关的资料，不得拒绝检查或者谎报、瞒报。
第七十八条 财政部门、审计机关按照各自职责，对社会保险基金的收支、管理和投资运营情况实施监督。