分居的夫妻最终不一定会离婚。

分居可以是夫妻双方因为感情不和而选择的一种生活方式，但并不意味着分居的夫妻最终都会走向离婚。离婚是一个复杂的决定，需要考虑多方面的因素，包括夫妻感情、子女抚养、财产分割等。

根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条的规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，会进行调解，如果感情确已破裂，调解无效的，才会准予离婚。而因感情不和分居满二年，是法院认定夫妻感情确已破裂的情形之一。但即使夫妻分居满二年，也并不意味着法院一定会判决离婚，还需要考虑其他因素，如夫妻双方的意愿、子女的利益等。

因此，分居的夫妻最终是否会离婚，取决于夫妻双方的感情状况、法律程序以及个人选择等多种因素。