1、定义不同

民族区域自治制度，是指在国家统一领导下，各少数民族聚居的地方实行区域自治，设立自治机关，行使自治权的制度。民族区域自治制度是我国的基本政治制度之一，是建设中国特色社会主义政治的重要内容。

高度自治，指香港特别行政区和澳门特别行政区享有高度的自治权，除外交和国防事务属中央人民政府管理外，香港特别行政区、澳门特别行政区享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权

2、各自目的不同

民族区域自治，是为实现少数民族当家做主，管理本民族内部地方性事务的权力，因此民族区域自治地区的自治权比一般行政区域高；

高度自治权，为解决历史遗留问题，维护祖国统一，特别行政区实行原有资本主义制度和生活方式50年不变，享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权

3、权利范围不同

民族区域自治享有民族立法权、变通执行权、财政经济自主权、文化、语言文字自主权、少数民族干部具有任用优先权。

高度自治享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权。现行的法律基本不变。

4、特点不同

中国的民族区域自治制度有两个显著特点：一是中国的民族区域自治，是在国家统一领导下的自治，各民族自治地方都是中国不可分离的一部分，各民族自治机关都是中央政府领导下的一级地方政权，都必须服从中央统一领导。

二是中国的民族区域自治，不只是单纯的民族自治或地方自治，而是民族因素与区域因素的结合，是政治因素和经济因素的结合。

高度自治是以中央完整地对特别行政区行使主权为前提的，实行高度自治是以维护国家统一为前提的。“一国”与“两制”的正确关系应当是在坚持“一国”的前提下，允许一些地区实行不同的制度，为了维护国家主权，为了香港长期繁荣稳定，有关国防、外交等权力必须由中央政府保留。

【本文关联的相关法律依据】

《中华人民共和国宪法》第四条中华人民共和国各民族一律平等。国家保障各少数民族的合法的权利和利益，维护和发展各民族的平等团结互助和谐关系。禁止对任何民族的歧视和压迫，禁止破坏民族团结和制造民族分裂的行为。国家根据各少数民族的特点和需要，帮助各少数民族地区加速经济和文化的发展。各少数民族聚居的地方实行区域自治，设立自治机关，行使自治权。各民族自治地方都是中华人民共和国不可分离的部分。各民族都有使用和发展自己的语言文字的自由，都有保持或者改革自己的风俗习惯的自由。

《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》第二条中华人民共和国全国人民代表大会授权澳门特别行政区依照本法的规定实行高度自治，享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权。